UEFA Cup Sieg 1996, alle drei Wettbewerbe voll: Der deutsche Rekordmeister besiegt unter Aushilfstrainer Franz Beckenbauer, der schon bei der Meisterschaft 1994 seinem Ruf als Glückskind gerecht wird, in den Finalspielen Girondins Bordeaux (2:0 und 3:1) und wird nach Bayer 04 Leverkusen (1988), Eintracht Frankfurt (1980) und Borussia Mönchengladbach (1975, 1979) der vierte deutsche Verein, der den UEFA-Pokal gewinnen kann. Damit hat der Verein alle drei europäischen Pokale gewonnen. Im Jahr darauf misslingt die Titelverteidigung schon in der ersten Runde – Aus gegen den FC Valencia (0:3/1:0), doch holt das Team von Giovanni Trapattoni die Deutsche Meisterschaft nach zweijähriger Dortmunder Dominanz wieder an die Isar.
„Trap“ wird der erste italienische Meistertrainer in Deutschland.
2013 gewinnt der FCB auch noch den UEFA Supercup und wird Club-Weltmeister: Der FC Bayern besiegt, nun unter Pep Guardiola, den FC Chelsea nach Elfmeterschießen und gewinnt im Sommer 2013 erstmals den europäischen Supercup. Gegen die Londoner liegen die Münchner zweimal in Rückstand und kommen erst in der letzten Sekunde der Verlängerung durch Javi Martinez zum 2:2-Ausgleich. Im Elfmeterschießen leistet sich der Triple-Sieger keinen Fehlschuss, Manuel Neuer pariert den fünften Versuch der Engländer. 37 Jahre nach dem ersten Weltpokalsieg wird der FC Bayern im Dezember 2013 zum dritten Mal Club-Weltmeister.